Si en tu empresa existe regularmente faltante de inventarios, habrá que tener en cuenta en qué tipo entra ese faltante. Existen varios tipos, por ejemplo:
- Mermas por justificación: Se originan en el proceso de fabricación de algún artículo.
- Pérdida por fuerza mayor: Se considera por robo o algún desastre natural (habrá que dar pruebas a las autoridades fiscales).
- Destrucción de mercancías: Se realiza con previo aviso al SAT.
- Sin justificación: Es cuando no puede explicarse la desaparición de dicha mercancía.
Si el faltante en el inventario se debe a la tres primeras razones, no se generará la obligación de pago de impuestos, pero si entra en el último caso, el faltante de mercancía se considera una enajenación y gravará de acuerdo a lo siguiente:

IVA:
LIVA art. 8o primer párrafo. Para los efectos de esta Ley, se entiende por enajenación, además de lo señalado en el Código Fiscal de la Federación, el faltante de bienes en los inventarios de las empresas. En este último caso la presunción admite prueba en contrario.
IETU:
Artículo 3. Para los efectos de esta Ley se entiende:
I. Por enajenación de bienes, prestación de servicios independientes y otorgamiento del uso o goce temporal de bienes, las actividades consideradas como tales en la Ley del Impuesto al Valor Agregado.
ISR:
Artículo 20. Para los efectos de este Título, se consideran ingresos acumulables, además de los señalados en otros artículos de esta Ley, los siguientes:
I. Los ingresos determinados, inclusive presuntivamente por las autoridades fiscales, en los casos en que proceda conforme a las leyes fiscales.
En conclusión, todo el faltante de inventarios es gravable, hasta que se demuestre lo contrario.
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